В нач. XVII в., по причине смуты в государстве российском, русско-афонские контакты на некоторое время были прерваны и возобновились лишь в 1626 г. Русские цари, как и ранее, вносили пожертвования в святогорские обители, получая в качестве благодарности различные рукописи, книги и святыни. Так в 1655 г. игумен Ватопедского монастыря Дамаскин по просьбе царя Алексея Михайловича привез в Москву древний крест св. имп. Константина Великого и главу свт. Ианна Златоуста. В это же время в Россию были доставлены копии чудотворных икон Божией Матери «Троеручица» (1661 г.) и Иверская, выполненных по заказу Патриарха Никона (известно о двух копиях Иверской иконы – 1648 и 1655 гг., – изготовленных по особому чину: оригинал омывали святой водой, которую затем использовали при приготовлении левкаса списка).
В 1655 г., по запросу Патриарха Никона, монах Арсений (Суханов) доставляет с Афона около пятисот греческих рукописей, которые были использованы для исправления русских богослужебных книг. Свой вклад в «книжную справу» внес архимандрит Иверского афонского монастыря Дионисий Грек: приехав в Россию в 1655 г., он стал справщиком московского Печатного двора, составил «Записку о начале и продолжительности церковных служб на Афоне», участвовал в Большом Московском Соборе (1666/7 гг.).
В конце XVII в. связи России и Афона вновь были прерваны, на этот раз из-за русско-турецкой войны 1686-1700 гг. По причине прекращения пожертвований из России к началу XVIII в. Пантелеимонов монастырь материально оскудел и был оставлен братией. В 1705 г., по решению Константинопольского Патриарха Гавриила III, с согласия Протата Святой Горы, он вновь был передан русским инокам, а в 1707 г. игумен Пантелиимоновой обители Варлаам прибыл в Москву и обратился за помощью к Петру I. Новые российские власти оказали необходимую поддержку русскому монастырю на Афоне, однако постепенно их интерес к Святой горе снижался. Согласно указу имп. Екатерины I (от 1725 г.), финансирование афонских монастырей было строго регламентировано по размерам и срокам выплат. В 1735 г. при имп. Анне Иоанновне был создан специальный фонд – Палестинские штаты, – из которого раз в 5 лет выплачивались пособия восточным патриархам и монастырям (в том числе и святогорским). А в 1742 г. указ Святейшего Синода установил размеры пожертвований: Ватопедскому монастырю – 100 рублей в год, Великой Лавре, Пантелиимонову, Иверскму и др. – по 35 рублей в год. Но из-за русско-турецких войн эти средства на Афон поступали нерегулярно. Если в XVIII в. размер вкладов российского правительства в святогорские обители уменьшился (до 40-х гг. XIX в. духовные и светские власти неохотно поддерживали славянские обители на Афоне, отдавая предпочтение греческим), то доля пожертвований от частных лиц возросла. Среди благотворителей в то время преобладали представители духовенства, купцы, посадские люди, украинские казаки.
Вследствие петровских реформ, затронувших церковную организацию, и особенно после секуляризации церковных владений при имп. Екатерине II (1764 г.), многие русские иноки в поисках строгой монашеской жизни устремились через Молдавию на Афон. Одним из них был прп. Василий Поляномерульский, духовный наставник прп. Паисия (Величковского), он основал Мерлополянский скит (в Молдавии) и неоднократно посещал Святую Гору.
В 1746 г. на Афоне поселился прп. Паисий (Величковский), который в 1757 г. получил у местных властей разрешение на основание общежительного скита. Вместе со своими учениками прп. Паисий занялся изучением, переводом и переписыванием святоотеческих творений, посвященных «умному деланию»[1]. Многие русские иноки, прошедшие духовную школу прп. Паисия, возвращались на Родину, где основывали или возрождали обители, вводя в них афонский устав и передавая насельникам приобретенный на Афоне аскетический опыт. Благодаря деятельности прп. Паисия в XVIII-XIX вв. в русских монастырях произошло возрождение традиций старчества, а к середине XIX в. число епархий Русской Православной Церкви, в которых находились монастыри, следовавшие традициям преподобного, достигло тридцати.
К середине XVIII в. из-за сокращения дотаций из России Пантелиимонов монастырь постепенно опять пришел в упадок. Около 1770 г., в связи с тяжелым материальным положением, иноки, большинство из которых были греческого происхождения, были вынуждены оставить старые здания обители и поселиться на месте монастырской лодочной пристани. Здесь был основан «Новый» монастырь вмч. Пантелиимона, к которому был приписан «Старый Русик». В начале XIX в. по причине бедственного состояния афонский Протат намеривался упразднить Пантелиимонов монастырь, однако это решение не получило одобрения Константинопольского Патриарха Калинника V, который особой грамотой предписал начать восстановление русской обители. Строительство новых зданий обители началось в 1814 г. под руководством старца Саввы.
[1] Прп. Паисий переводил сочинения прп. Исаака Сирина, Максима Исповедника, Феодора Студита, аввы Варсонофия; на основании «Филокалии» св. Никодима Святогорца он составил сборник «Добротолюбие».