Материальное положение «Русского» монастыря постоянно ухудшалось. Бедственное положение усугубляли пожары. Так в 1959 г. от огня и воды сильно пострадала библиотека, а в 1968 г. полностью выгорела восточная часть монастырских построек. Помочь русским насельникам удавалось лишь через посылки от Московской Патриархии и в ходе паломнических поездок представителей Русской Православной Церкви на Афон. В 1971 г. скончался последний русский инок Андреевского скита, и с прекращением русского преемства скит перешел под управление Ватопедского монастыря. В 1976 г. в Пантелеимоновой обители оставалось лишь 13 человек. К 1979 г., благодаря настойчивым просьбам из Москвы, их число увеличилось до 27-ми, но к 1981 г. их количество сократилось до 22-х (часть насельников, не выдержав тяжких условий жизни, вернулась на Родину).

В лучшую сторону ситуация стала изменяться, начиная с 1982 г., когда инициативу Русской Православной Церкви об увеличении числа «негреческих» насельников на Афоне поддержал кинот Святой Горы. К 1992 г. численность иноков русского Пантелиимонова монастыря достигла 40 человек, к 2002 г. – 50-ти, и в настоящее время их количество превысило 80 человек[1]. За последние несколько лет на средства меценатов были восстановлены многие храмы обители, часть корпусов; в настоящее время ремонтные работы продолжаются и в остальных монастырских зданиях.

С середины 90-х гг. XX в. происходит возрождение древней традиции приобщения жителей нашей страны к святыням Святой Горы. Так в 1995 г. с Афона в Москву был привезен список Иверской иконы Божией Матери, созданный специально для восстановленной Иверской часовни у Воскресенских ворот Красной площади; в 1996 и 2000 гг. в России находилась главная святыня Пантелиимонова монастыря – глава св. вмч. Пантелиимона; в 2011 г. – пояс Персвятой Богородицы; в 2014 г. – ковчег с Дарами волхвов;  в 2015 г. – десница вмч. Георгия. Сегодня русские паломники практически беспрепятственно могут побывать на Святой горе и поклониться местным святыням.

[1] Пантелеимонов монастырь сегодня // Сайт «Русский Афон». URL: http://afonit.info/russkij-monastyr/monastyr-segodnya/monastery-today (дата обращения 13.10.2015 г.)